R在Mac上的一些配置

最近在Coursera上学一门数据分析的课程，因此得用用R。照例，总结一下Mac上的一些R配置，希望能帮到Mac的中文用户。

用Apple自己的包做并行加速

R的并行加速，最简单是用BLAS，也是其自带支持的；此外比较多人用的就是OpenBLAS和ATLAS。这两个都是需要单独编译包的。其实Apple自己就提供了并行运算的库，这里介绍的最简单方式就是直接使用每个Mac OS X系统里自带的库。

两条指令搞定：

cd /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/lib
ln -sf /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/Current/Frameworks/vecLib.framework/Versions/Current/libBLAS.dylib libRblas.dylib

如果需要恢复调用R自带的库：

ln -sf libRblas.0.dylib libRblas.dylib

从实际效果来看，运行R-benchmark-25.R来对比，大概可以从30多秒下降到9秒多（Retina MacBook Pro 2013late高配）。有兴趣装OpenBLAS的话，应该还能进一步提升。

SublimeKnitr的安装与配置

Knitr 是目前我知道的、中国人对R世界的最大贡献，一般来说是在RStudio上安装这个包后，支持在编辑器里用markdown、latex语法，同时嵌入R代码，编译后代码块会送到R来执行，最终形成一份HTML的报告（当然在Mac上就非常方便转为PDF）。包括Cousera上Duke University的这门数据分析与统计推断课程，Project都是用RMarkdown写并最终提交PDF。

RStudio本身是不错的编辑器，不过也好几百兆，对我这种毕竟很少用R的人来说，似乎没太大必要。因此第一时间放出google，发现国外也有网友将Knitr嵌入到Sublime Text 2/3里。也许是用户少，目前还不算很成熟，但基本可用，下面就是安装和一些配置步骤。

1. 在R里安装Knitr：install.packages('knitr', dependencies = TRUE) 当然，你也可以选择手工安装，不赘述了。
2. 在Sublime Text里安装Enhanced-R和LaTeXing或LaTeXTools。
3. 在Sublime Text里安装Knitr。这两步的安装都可以直接在ST里利用Package Control搜索并安装。
4. 我根据Issue 7修改了build代码，也就是到Package目录里修改knitr-Markdown.sublime-build

整个文件内容修改为：

{
   "selector": "text.html.markdown.knitr",
   "cmd": [ "Rscript -e \"library(knitr); knit('$file', output='$file_path/$file_base_name.md')\"; open $file_path/$file_base_name.md" ],
   "shell": true
}

SublimeKnitr目前一个相对麻烦的问题是，不支持将.Rmd文件放在含空格的路径下，中文路径不影响。如果你文档里的R代码生成图标，那么实际上会在R默认路径（注意不是Knitr，而是R的配置）生成一个figure目录，里面就是图片。

以上完成后，一般就会自动识别.Rmd文件了，正常编译后形成一个.md文件。如果有图片，那么这里会有相对引用。Markdown Pro等一些软件不支持图片的相对引用方式，预览时会出问题，不妨还是通过ST打开，用Markdown Preview来生成HTML好了。

正因为有生成文件的问题，因此建议还是不折腾路径了，将你需要做的报告直接放在R的默认路径下，也确保了一些R数据、源码文件等引用方便。

在RMarkdown里混用Latex

写文档的时候肯定会需要插入Latex来表达公式之类，但显然Markdown来写一整篇文章比用Latex来写一整篇要舒服好多（至少如果都是用文本编辑器手敲的话）。那么两者可以混用么？RMarkdown自身是支持inline Latex的，可以参见具体文档。

在这种情况下，需要MathJax来生成最终显示结果，ST本身编译出来以后的.md文档只是原样保持了你的Latex代码而已。按照文档所述，你需要到MathJax网站转换，或者在你自己的网站上安装MathJax支持，以便最终的HTML正常显示。但有时候我们只是本机需要一个PDF（比如我要提交的这门作业）而已。又是一阵google，翻出来Reddit的一个实现方案。

在Safari里新建一个书签（为了方便可以放在书签栏上），随意命名，然后链接就是以下代码：

javascript:(function()%7Bvar%20script%3Ddocument.createElement(%22script%22)%3Bscript.type%3D%22text%2Fjavascript%22%3Bscript.src%3D%22http%3A%2F%2Fcdn.mathjax.org%2Fmathjax%2Flatest%2FMathJax.js%3Fconfig%3Ddefault%22%3Bvar%20config%3D'MathJax.Hub.Config(%7BTeX%3A%7Bextensions%3A%5B%22AMSmath.js%22%2C%22AMSsymbols.js%22%5D%7D%2Ctex2jax%3A%7BskipTags%3A%5B%22script%22%2C%22noscript%22%2C%22style%22%2C%22textarea%22%5D%7D%7D)%3BMathJax.Hub.Startup.onload()%3BsetInterval(function()%7BMathJax.Hub.Queue(%5B%22Typeset%22%2CMathJax.Hub%5D)%3B%7D%2C5000)%3B'%3Bif(window.opera)%7Bscript.innerHTML%3Dconfig%3B%7Delse%7Bscript.text%3Dconfig%3B%7Ddocument.getElementsByTagName(%22head%22)%5B0%5D.appendChild(script)%3Bscript%3Ddocument.createElement(%22script%22)%3Bscript.type%3D%22text%2Fjavascript%22%3Bscript.src%3D%22http%3A%2F%2Fuserscripts.org%2Fscripts%2Fsource%2F92758.user.js%22%3Bdocument.getElementsByTagName(%22head%22)%5B0%5D.appendChild(script)%3B%7D)()%3B

在原始文档里还有for iOS的安装等，这里就不赘述了，大家自己看吧。

使用方法嘛，把你生成的、混杂了Latex代码的.md通过Markdown Preview（我在用的ST插件）扔到Safari解析，点击一下新建的这个书签，代码变成公式了吧。

下面是样板效果。

.Rmd原始代码:

## Test
```{r }
n = 1
n
``` 

$$
    \begin{aligned}
    \dot{x} & = \sigma(y-x)
    \end{aligned}
$$

编译后的.md:

## Test 

```r
n = 1
n
``` 

```
## [1] 1
``` 

$$
    \begin{aligned}
    \dot{x} & = \sigma(y-x)
    \end{aligned}
$$